En 1963, la Faculté a été reconnue par arrêté royal comme institution d’enseignement supérieur universitaire, habilitée à octroyer les titres de licencié et de docteur. Elle se compose de deux sections complètes : l’une francophone et l’autre néerlandophone, ayant chacune son corps professoral et son propre doyen. Depuis 1970, la Faculté dans son ensemble se trouve sous la direction d’un recteur.
Sa bibliothèque et son centre de documentation — ProDoC — sont ouverts aux chercheurs.
La Faculté est soutenue par l’Église Protestante Unie de Belgique érigée le 1er janvier 1979 et issue de la fusion de l’Église protestante de Belgique, de l’Église Réformée de Belgique et des Gereformeerde Kerken in België.

La Faculté de Théologie de Butare (Rwanda) est affiliée à la Faculté de Théologie protestante de Bruxelles par une convention signée le 21 juin 1991 par les deux Conseils d'administration. Ce document concrétise la collaboration entre les deux institutions dans les domaines de l'enseignement et de la bibliothèque.
En 2000, notre Faculté put fêter, avec un éclat certain, son demi-siècle d'existence.
Cette année (2004), la section néerlan-dophone célèbre  l’anniversaire de la reprise des cours après une interruption de 2 ans (1952-54).

Le conseil d’administration s’occupe de la gestion matérielle de la Faculté et gère les affaires courantes. Le conseil académique est responsable quant à lui du contenu et du niveau des études. Ces deux conseils administrent les deux sections. La section francophone se prépare activement aux changements  qu’imposera le décret de Bologne.